Thị trấn Yên Ninh được thành lập vào ngày 2 tháng 11 năm 1996 trên cơ sở một phần diện tích và dân số của các xã Khánh Ninh, Khánh Vân, Khánh Hải, Khánh Nhạc. Khi thành lập, thị trấn Yên Ninh có diện tích tự nhiên 268,12 ha và 5.796 nhân khẩu.

Ngày 3 tháng 6 năm 2009, sáp nhập xã Khánh Ninh vào thị trấn Yên Ninh.[1]